由于家庭养鱼的密度普遍较大，单纯依靠水体自身分解很难去除水中杂质、废物。建立一个良好的过滤系统可以有效的保持水质。好的过滤系统可以综合化学、生物、物理等过滤方式。化学过滤是依靠专用药品将水中微小悬浮杂质凝聚在一起，使其沉淀或者被物理过滤掉。生物过滤是由水中有益生物菌群将水中的废物分解，将有害物质分解为无害。物理过滤是通过过滤物质的微小孔隙吸附、滤除杂质颗粒。针对金鱼特点和家庭养鱼条件，可以使用以下方式建立过滤系统。

　　根据水族箱大小，配置外置过滤器，可以是顶置或者是过滤桶。水的流量可以在水泵的说明中查到。一般而言每小时可以将水体循环7次左右为宜，例如：长80，宽40，高40的水族箱的容积是128升，过滤水泵流量选在900升/小时为宜。对于更大型水族箱，为防止水流速度过强，建议在入水口加装内置过滤器，在出水口增加弯管，以减小水流对于金鱼的冲击。在过滤盒(桶)中放置生化海棉、活性炭，并根据水体污染程度进行更换。但过于频繁更换，不宜于有益生物菌群的建立，一般1月更换一次即可。