水草与动物一样，按门、纲、目、科、属、种的方式分类。水草属于种子植物门，被子植物亚门、单子叶植物纲。不同的水草品种又可以分为很多的目、科、属，如各种皇冠草属于沼生目、泻泽科、刺果泽泻属。但是这样的分类过于专业，太繁琐，对于种植水草又没有太大的帮助，因此在目前的观赏水草种植中按其形态特征,将其分为5类水草，即有茎水草、丛生水草、皇冠类水草、椒草和榕类水草。这样的分类既便于记忆又有利于了解某一类水草的种植及观赏特征，所以目前被广泛采用。如皇冠类水草以宽大的叶子为主，而有茎水草则一般纤细如柳枝等。