锦鲤在生物学上属于鲤科，特征两对须(索食的感觉器官)，三排咽喉齿。身体呈纺锤形，分成头部、躯干部和尾部三部分。口缘无齿，但有发达的咽喉齿。鱼鳍可分为胸鳍、腹鳍、背鳍、臀鳍和尾鳍，其中胸鳍和腹鳍相当于人的四肢。鱼鳍切断或折断后有再生能力!

　　两侧中央各有一条纵点线从头一直延伸到尾部，称为侧线，是鱼的感觉器官。鱼体外有外皮，外皮又分为外侧的表皮与内侧的真皮(鱼鳞基部埋在真皮中)。表皮有黏液细胞分泌黏液，可保护身体或有效地防止寄生虫的附着。

　　锦鲤各种各样的色调是由于埋藏在表皮下面的组织之间及鳞片虾米的色素细胞收缩和扩散的结果(与感觉器官及神经系统均有关联，对于光线尤为敏感。色彩的加深和消失与遗传因素、饵料、光照和水质有关)。该种细胞有四种色素：黑色素、黄色素、红色素和白色素。

　　鱼鳞由真皮分化而成，上有同心圆状的凸起线，鱼鳞随着鱼的年龄增加，也不断地呈致密与疏松相间的有规律的同心圆生长。因此，可根据鱼鳞推算鱼的年龄。

　　锦鲤无胃，食管直通肠部。肝脏与胰脏合在一起称为肝胰脏。鳔在体腔的背部，分为前后两室。心脏包在心囊内，由一心房与一心室组成，另附有一动脉球。

　　鳃盖中有五对鳃弧，前4对具气体交换作用。

　　臀鳍基部前端有排泄孔与生殖孔，分别连通直肠、尿道与生殖腺，精子、卵子就在生殖巢中形成。